สีจะช่วยทำให้ขนมมีสีสันน่ารับประทาน แต่เดิมนั้นคนโบราณจะไม่มีสีสังเคราะห์ ขนมสมัยก่อนที่มีสีสันจะเป็นสีที่ได้จากธรรมชาติทั้งสิ้น ซึ่งบางอย่างนอกจากจะให้สีสันแล้วยังให้กลิ่นหอมด้วย เช่น สีเขียวจากใบเตย สีน้ำเงิน หรือสีม่วงจากดอกอัญชัน ฯลฯ แต่ปัจจุบันนี้เรามีสีที่ใช้ในการทำอาหารมีอยู่ด้วยกัน 2 ชนิด คือ สีที่ได้จากธรรมชาติ และสีสังเคราะห์ ซึ่งหากจะเลือกใช้สีสังเคราะห์ต้องสังเกตเครื่องหมายจากองค์การอาหารและยา ซึ่งต้องระบุว่า "สีผสมอาหาร" จึงจะปลอดภัย เพราะเดี๋ยวนี้มีสีสังเคราะห์ใช้สำหรับงานอื่นๆ ซึ่งหากนำมาใส่อาหารก็จะเกิดอันตรายกับผู้บริโภคได้
สีต่างๆ ที่ได้จากธรรมชาติ มีดังนี้
สีเขียว ได้จากใบเตย นำใบเตยล้างให้สะอาด หั่นแล้วโขลกให้ละเอียด จึงคั้นเอาเฉพาะน้ำแล้วกรองน้ำมาใช้
สีน้ำเงิน ได้จากดอกอัญชัน เด็ดดอกอัญชันนำมาล้างให้สะอาด ต้มน้ำพอเดือด เด็ดกลีบดอกอัญชันใส่ลงไป ยกลง คนพอทั่ว น้ำก็จะเป็นสีน้ำเงิน กรองเอาแต่น้ำ
สีม่วง ได้จากดอกอัญชัน นำน้ำสีน้ำเงินของดอกอัญชันบีบน้ำมะนาวใส่ลงไปเล็กน้อย
สีเหลือง ได้จากขมิ้นสด หรือหญ้าฝรั่น นำขมิ้นมาปอกเปลือก โขลกให้ละเอียดใส่น้ำ คั้นน้ำจะได้น้้ำสีเหลือง สีเหลืองที่ได้จากหญ้าฝรั่น ส่วนใหญ่จะนำมาทำข้าวหมกไก่ เนื่องจากหญ้าฝรั่นมีราคาสูงและหาซื้อค่อนข้างยาก
สีแดง ได้จากครั่ง โดยนำครั่งมาต้มกับน้ำ ใส่ใบเหมือด 3-4 ใบ จึงนำไปตากแดดจัดๆ 1-2 แดด ก็จะได้สีแดงสด ถ้าไม่นำไปตากแดดจะได้สีแดงเลือดหมู
สีดำ ได้จากกาบมะพร้าวเผา โดยนำกาบมะพร้าวไปเผาให้ดำ แล้วนำมาโขลกผสมกับน้ำ จึงนำไปกรองด้วยผ้าขาวบางหลายๆ ชั้น
